Research Note #31 - Contoh Perintah Linux dan Slurm untuk Bekerja di HPC BRIN (updated)

Berikut beberapa perintah yang berguna untuk bekerja menggunakan fasilitas parallel computing di HPC BRIN (Mahameru). Perintah-perintah ini umumnya digunakan untuk mengetahui spesifikasi sistem yang digunakan sebelum menjalankan batch job pada slurm workload manager.

1. Mengetahui spesifikasi lengkap HPC

$ lscpu

2. Mengetahui jumlah processor pada node saat ini

$nproc

128

128 adalah jumlah cpu pada node yang aktif.

3. Mengetahui konfigurasi cluster HPC (Slurm)

$ sinfo -p medium-small -o "%N %c %m %G"

NODELIST CPUS MEMORY GRES

trembesi[51-72] 128 256000 (null)

trembesi[51-72] adalah node yang digunakan pada partisi medium-small, dengan jumlah cpu dan memori max masing-masing 128 dan 256 GB.

4. Submit dan menghentikan batch job (Slurm)

$ sbatch <script program.sh>  --> menjalankan script untuk batch job 

$ scancel -u <nama_user> --> menghentikan batch job oleh <nama_user>

5. Melihat status batch job dari user (slurm)

$ squeue -u 'whoami' --> melihat status batch job oleh user saat ini

$ squeue -u <nama_user> --> melihat status batch job oleh <nama_user>

$ sqeueu -all --> melihat status batch job oleh semua user

6. Melihat daftar seluruh partisi yang tersedia pada HPC (slurm)

$ sinfo -all

7. Masuk ke mode interaktif (slurm)

$ srun --partition=interactive --pty /bin/bash

Setelah masuk ke mode interaktif, anda bisa menjalankan script/program yang anda inginkan. Bila ingin keluar dari mode interaktif, ketik perintah 'exit' pada prompt shell.

8. Menampilkan informasi spesifik dari node Slurm dengan custom format

$ sinfo -o "%n %m %a %c %C %T"

Di mana: 

%n: Hostnames of the nodes.

%m: Memory size of the nodes in megabytes.

%a: Availability state of the partition (e.g., up or down).

%c: Number of CPUs per node.

%C: Number of CPUs broken down by state in the format allocated/idle/other/total.

%T: Current state of the nodes (e.g., idle, alloc, down, mix).

9. Menampilkan alokasi space dalam direktori aktif

$ du -sh *

Untuk mengurutkan $ du -sh * | sort -k1 -rh